สีเขียว ให้ความสดชื่นเป็นธรรมชาติ แทนค่าสิ่งมีชีวิตและสรรพสิ่งต่างๆ อาทิ ป่าไม้ สมุนไพร แหล่งอาหารความอุดมสมบูรณ์

สีเหลือง ให้ความรู้สึกอบอุ่น มีพลังอยู่ในตัวเอง ในธรรมชาติสีเหลืองทองเปรียบเสมือนดวงจันทร์ ดวงจันทร์ ซึ่งประกอบเป็นส่วนหนึ่งของระบบสุริยะจักรวาล แสงจันทร์นวลให้ความงดงามแก่มวลสรรพชีวิตหรือสีเหลืองแห่งพระพุทธศาสนา ให้ความอบอุ่นเคารพ ศรัทธาและมีองค์ความรู้

สีทอง เป็นสีแห่งคุณค่า และมีความหมายสำคัญยิ่ง

สีขาว เป็นสิ่งที่บริสุทธิ์ สะอาด และเป็นสีที่มีคุณค่าที่สุดในด้านพุทธศาสนา และเป็นสิ่งที่ปฏิบัติได้ลำบากมาก แต่เป็นแนวทางสูงสุดของชาวพุทธ

รูปทรงกลมดวงจันทร์โอบล้อมดอกบัวบานเป็นวิถีธรรมชาติของการเจริญเติบโต การเคลื่อนไหวทั้งน้ำหนักอ่อนแก่ของสี การประสานเชื่อมโยงและปฏิสัมพันธ์ร่วมกันทั้งกลีบดอกบัวที่มีรายละเอียดมากกับอีกด้านเป็นเพียงรูปทรงรวมๆ มากและน้อย ใหญ่และเล็ก หรืออ่อนและแก่ นัยยะที่แสดงให้เห็นถึงภารกิจของมูลนิธิฯ ที่เป็นทั้งศาสตร์และศิลป์ อันประกอบด้วยหลักการ เหมือนในความต่างมีความหลากหลายของมิติที่มีคุณค่าและลึกซึ้ง ก่อเกิดมาจากธรรมชาติและภูมิปัญญาของบรรพบุรุษ

รูปทรงกลีบดอกบัว หรือรูปทรงดอกบัวตูม โดยกำหนดให้เป็นพื้นสีขาวนี้แสดงถึงตัวแทนแห่งความสะอาด การเริ่มต้น จุดศูนย์กลาง เป็นสิ่งแรกที่เกิดขึ้นและจะมีการพัฒนาไปสู่เป้าหมายที่ดีงามต่อไปคือ ภารกิจของมูลนิธิฯ

เครื่องหมายเฉลว เป็นสัญลักษณ์ด้านการแพทย์แผนไทยฯ เครื่องหมายแห่งคุณความดี ความเชื่อมั่นการปัดเป่าสิ่งชั่วร้ายให้หมดไป