เนื่องจากกระทรวงสาธารณสุขครบรอบ 100 ปีการสาธารณสุขไทย ในวันที่ 27 พฤศจิกายน 2561 (พ.ศ.2461-2561) กระทรวงสาธารณสุขจึงกำหนดแผนจัดทำพิพิธภัณฑ์กลางของกระทรวงสาธารณสุขขึ้น เพื่อนำเสนอประวัติศาสตร์ 100 ปีของการสาธารณสุข โดยกำหนดให้ใช้อาคาร “พิพิธภัณฑ์และศูนย์ฝึกอบรมการแพทย์แผนไทย” จัดตั้งเป็น “พิพิธภัณฑ์การสาธารณสุขและการแพทย์ไทย” เพื่อให้กระทรวงสาธารณสุขมีพื้นที่จัดแสดงเรื่องราวประวัติศาสตร์ และมีการพัฒนางานด้านพิพิธภัณฑ์ให้สามารถอนุรักษ์ข้าวของ และจัดแสดงเนื้อหาประวัติศาสตร์ เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้ด้านประวัติศาสตร์สุขภาพและการสาธารณสุขที่ถาวรมั่นคง ยั่งยืน จึงได้มีการปรับปรุงอาคารพิพิธภัณฑ์และศูนย์ฝึกอบรมการแพทย์แผนไทย (เรือนหมอเพ็ญนภา) และ อาคารกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก อาคาร ชั้น 3 ชั้น 4 และชั้น 7 โดยได้รับงบประมาณประจำปี พ.ศ. 2561 จำนวน 38,149,000 บาท ( สามสิบแปดล้านหนึ่งแสนสี่หมื่นเก้าพันบาทถ้วน)

วันที่ 13 พฤศจิกายน 2561 เวลา 17.17 น. สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินยังกระทรวงสาธารณสุข อำเภอเมืองนนทบุรี จังหวัดนนทบุรี ทรงเปิดงาน 100 ปี การสาธารณสุขไทย จัดโดยกระทรวงสาธารณสุข เพื่อน้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ที่ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมประกาศตั้งกรมสาธารณสุขขึ้นเมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน 2461 และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมแต่งตั้งให้สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาชัยนาทนเรนทร ทรงเป็นอธิบดีกรมสาธารณสุขพระองค์แรก โอกาสนี้ ทอดพระเนตรสวนสมุนไพรเทวะเวสม์รมณีย์ ตั้งขึ้นบนพื้นที่ 13 ไร่ เพื่อเป็นแหล่งเรียนรู้เกี่ยวกับพืชสมุนไพร โดยปลูกพืชสมุนไพรทั้งหมด 500 ชนิด แต่ละชนิดจะมี QR Code เพื่อแสดงสรรพคุณ

จากนั้น ทรงเปิด “พิพิธภัณฑ์การสาธารณสุขและการแพทย์ไทย” ซึ่งกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก จัดตั้งขึ้นเป็นอาคารทรงไทย 2 ชั้น เพื่อรวบรวมองค์ความรู้ที่เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทยตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน โดยนำมาบูรณาการและจัดแสดงไว้อย่างเป็นระบบ เพื่อเผยแพร่สู่สาธารณชน และผู้ที่สนใจทั้งในประเทศและต่างประเทศ อาทิ หอบรมครูแพทย์แผนไทย จัดแสดงการบูชาพระครูและการไหว้ครูในทางการแพทย์แผนไทย ซึ่งเป็นพิธีกรรมและประเพณีที่สืบทอดมาอย่างยาวนาน ห้องเภสัชกรรมไทย รวบรวมความรู้เกี่ยวกับสมุนไพรไทยที่นำมาปรุงหรือผลิตเป็นยารักษาโรครวมทั้งสรรพคุณ และห้องนวดไทย นอกจากนี้ ยังเป็นสถานที่จัดกิจกรรมวิชาการที่มีประโยชน์ต่อประชาชนและสังคม ทั้งการฝึกอบรม การวิจัยและพัฒนา เพื่อต่อยอดทรัพยากรชีวภาพและภูมิปัญญาไทย

อาคาร เป็นอาคารเรือนไทยแบบเครื่องก่อ 9 ออกแบบโดย ศ.ดร.ภิญโญ สุวรรณคีรี แบ่งแยกพื้นที่อาคารออกเป็น 3 ชั้น ดังนี้

1. ชั้นบนสุด คือ บริเวณห้องนิทรรศการ แบ่งออกเป็น 9 ห้อง ประกอบด้วย หอพระ หอบรมครู ห้องวิวัฒนาการการแพทย์แผนไทย ห้องภูมิปัญญาไทย ห้องอาหารเพื่อสุขภาพ ห้องนวดไทย ห้องยา หอนกและเรือนรับรอง

2. ชั้นหนึ่ง (หรือชั้นกลางของอาคาร) ประกอบด้วย ห้องผู้อำนวยการ ห้องทำงานเจ้าหน้าที่ ห้องยาและศูนย์จำหน่ายผลิตภัณฑ์จากสมุนไพร และศูนย์ส่งเสริมสุขภาพแผนไทยและแพทย์ทางเลือก ให้บริการรักษาด้วยการแพทย์แผนไทยและแพทย์ทางเลือก ได้แก่ การตรวจโรค การนวดไทย การประคบสมุนไพร ยาไทย ฝังเข็ม

3. ชั้นใต้ดิน ประกอบด้วย ห้องประชุมใหญ่ (ห้องเบญจกูล) ห้องประชุมเล็ก (ห้องตรีผลา) ศูนย์บริการกัญชาเพื่อการแพทย์ ห้องนิทรรศการสมุนไพรตามตำรับยา และห้องทำงานของเจ้าหน้าที่

โดยได้รับความร่วมมือจากศิลปินที่มีความเชี่ยวชาญในหลากหลายรูปแบบ เช่น งานปั้น งานเขียน งานก่อสร้าง มาช่วยกันเนรมิตให้เรือนไทยแห่งนี้มีความสง่างาม แวดล้อมไปด้วยสวนสมุนไพร ซึ่งมีสมุนไพรนับ 1,000 ชนิด และยังมีถ้ำเขามอพระฤๅษีอยู่ข้างๆ แสดงถึงความเป็นไทยทุกรูปแบบ เพื่อให้สมกับการเป็นศูนย์รวมความรู้เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทยตั้งแต่ อดีต ปัจจุบัน และอนาคต เมื่อคนมาศึกษาจากที่แห่งนี้เพียงแห่งเดียวก็จะรู้จักแพทย์แผนไทย รู้จักอดีต รู้จักปัจจุบัน และรู้จักอนาคต สามารถมีส่วนร่วมในการพัฒนาการแพทย์แผนไทยให้ก้าวไกลเพื่อรับใช้สังคมไทยอย่างยั่งยืนต่อไป