ห้องเภสัชกรรมไทย
แสดงให้เห็นถึง วิวัฒนาการการปรุงยา เครื่องยา อุปกรณ์การทำยา และยาไทยประเภทต่างๆ ยาไทยนับเป็นสิ่งล้ำค่าที่บรรพบุรุษของไทยได้สืบทอดการทำยาไทยมาแต่โบราณ เป็นภูมิปัญญาของบรรพชนไทยที่ใช้สมุนไพรใกล้ตัวนำมาทำการปรุงยาและรักษาโรคตามตำราที่สืบทอดกันมาช้านาน ยาไทยจะใช้ ๓ สิ่งในการปรุงยา ได้แก่ พืชวัตถุ โดยใช้สมุนไพรทั้ง 5 ส่วนราก ใบ ดอก ผล ต้น สัตว์วัตถุ และธาตุวัตถุ  ขึ้นอยู่กับการนำไปใช้กับตำรายารักษาโรคต่างๆ แสดงให้เห็นถึงการพึ่งพาตนเองในการดูแลและรักษาสุขภาพของคนไทย ซึ่งได้จากการสะสมและถ่ายทอดประสบการณ์อย่างเป็นระบบ โดยการบอกเล่า การสังเกต การบันทึกและการศึกษาทั้งที่เรียนสืบต่อกันมาโดยตรง  หรือผ่านสถาบันการศึกษาด้านการแพทย์แผนไทย
ประกอบด้วย เนื้อหา 6 เรื่อง ได้แก่ ป่าสมุนไพร การเก็บยาสมุนไพร เภสัชวัตถุ สรรพคุณเภสัช คณาเภสัช และเภสัชกรรมแผนไทย โดยในแต่ละเรื่องมีสาระโดยสรุป ดังนี้
1. ป่าสมุนไพร
          ในสมัยโบราณ มนุษย์เรียนรู้การเก็บพืชและจับสัตว์จากป่า มาประกอบเป็นอาหารในการดำรงชีวิตหากเกิดความเจ็บป่วย ก็ได้เรียนรู้นำสิ่งต่างๆ รอบตัวมาประกอบเป็นยาเพื่อใช้รักษาอาการเจ็บป่วยที่เกิดขึ้น ลองผิดลองถูกสั่งสมประสบการณ์กระทั่งเป็นภูมิปัญญาความรู้ของในแต่ละท้องถิ่นสืบต่อกันมา หากผู้ใดสนใจศึกษาจดจำจนมีความรู้ในการตรวจรักษาผู้อื่นได้ก็จะได้รับการยกย่องเป็น “หมอยา” มีการสอนถ่ายทอดกันสืบมาจนปัจจุบัน หากเป็น “หมอหลวง” จะได้รับพระราชทานกระบองแดงและย่าม เป็นสัญลักษณ์บอกให้คนทั่วไปทราบว่าหมอผู้นี้สามารถไปเก็บยาสมุนไพรได้ทั่วราชอาณาจักร
2. การเก็บยาสมุนไพร
          จากประสบการณ์การใช้ยาและรักษาโรค ทำให้หมอยาเรียนรู้ว่าการเก็บสมุนไพรในช่วงใดจะได้สรรพคุณยาที่ดี ที่เหมาะสมในการนำมาทำยา การเก็บยาตามองค์ความรู้การแพทย์แผนไทย เช่น การเก็บยาตามฤดู ตามทิศ ตามวัน ตามเวลา ยกตัวอย่างการเก็บสมุนไพรจำพวกหัว เหง้า แก่น ราก ต้องเก็บในฤดูร้อน การเก็บสมุนไพรจำพวกใบ ดอก ลูก ฝัก ต้องเก็บ ในฤดูฝน เป็นต้น
3. เภสัชวัตถุ
          เภสัชวัตถุ คือ ตัวยาต่างๆ ที่จะนำมาใช้ปรุงหรือผลิตเป็นยารักษาโรค แต่ละชนิด จะมี รูป ลักษณะ สี กลิ่น รส แตกต่างกันไป องค์ความรู้การแพทย์แผนไทยแบ่งเภสัชวัตถุ เป็น ๓ ประเภท ได้แก่ พืชวัตถุ สัตว์วัตถุ ธาตุวัตถุ
พืชวัตถุ คือ ส่วนต่างๆ ของพืชที่นำมาทำเป็นยา เช่น รากย่านาง เนื้อไม้กฤษณา ดอกมะลิ แก่นฝาง เปลือกอบเชย ผลมะขามป้อม เกสรบัวหลวง
            สัตว์วัตถุ คือ ส่วนต่างๆ ของสัตว์ มาทำเป็นยา เช่น ไขชะมด เขากวาง เปลือกหอย ดีหมูป่า กระดองเต่า
          ธาตุวัตถุ คือ แร่ธาตุที่นำมาทำเป็นยา เช่น กำมะถัน จุนสี สารส้ม การบูร พิมเสน เกลือ
4. สรรพคุณเภสัช
          คือสรรพคุณของเภสัชวัตถุ (พืช สัตว์ แร่ธาตุ) ที่จะนำมาใช้เป็นยารักษาโรค ซึ่งตามองค์ความรู้การแพทย์แผนไทยนั้น รสของยาจะบ่งบอกถึงสรรพคุณ เช่น รสหวาน มีสรรพคุณซึมซาบไปตามเนื้อ บำรุงกำลัง แก้อ่อนเพลีย รสขม มีสรรพคุณ บำรุงโลหิตและ ดี แก้ไข้เพื่อดี เจริญอาหาร แก้ร้อนในกระหายน้ำ เป็นต้น
5. คณาเภสัช
          การจัดหมวดหมู่ตัวยาตั้งแต่ ๒ สิ่งขึ้นไปมารวมกัน และกำหนดเรียกชื่อของกลุ่มตัวยานั้น เพื่อสะดวกในการเรียนรู้ จดจำบันทึก และเขียนตำรับยา แบ่งออกเป็นจุลพิกัด พิกัดยา มหาพิกัด
          จุลพิกัด คือ พิกัดที่มีตัวยา ๒ สิ่ง เช่น อบเชยไทย อบเชยเทศ เบี้ยจั่น เบี้ยผู้ จันทน์แดง จันทน์ขาว
            พิกัดยา คือ พิกัดที่มีตัวยาตั้งแต่ ๒ สิ่งขึ้นไป รวมเรียกเป็นชื่อเดียวกัน ตัวยามีน้ำหนักเท่ากัน เช่น ตรีผลา เบญจกูล มหาพิกัด คือ พิกัดที่มีตัวยาหลายสิ่ง ตัวยาแต่ละสิ่งหนักไม่เท่ากัน เช่น มหาพิกัดทศเบญจขันธ์
6. เภสัชกรรมไทย
          การปรุงยาเริ่มตั้งแต่ การเตรียมสมุนไพร แปรรูป นำมาผลิตในรูปแบบต่างๆ ตามองค์ความรู้การแพทย์แผนไทย ซึ่งมีหลายรูปแบบ เช่น รูปแบบยาน้ำยาผง ยาเม็ด ยาลูกกลอน ยาน้ำมัน ยาขี้ผึ้ง เป็นต้น
6.1 เครื่องมือทางเภสัชกรรมไทย
          เครื่องมือลดขนาดตัวยา เช่น มีด มีดสับยา
          เครื่องมือชั่ง-ตวงยา เช่น ตาชั่ง ๒ แขน
          เครื่องมือบดผสม เช่น หินบดยา โกร่งบดยา รางบดยา
          เครื่องมือการขึ้นรูปตัวยา เช่น รางกลิ้งยาลูกกลอน พิมพ์ทองเหลือง
6.2 การเตรียมตัวยา
                    ตัวยาสมุนไพรบางชนิดจำเป็นต้องผ่านกระบวนการบางอย่างก่อนที่จะนำมาใช้ปรุงยาเพราะตัวยานั้นมีฤทธิ์แรงเกินไป ไม่สะอาดหรือมีการปนเปื้อนของเชื้อโรค มีปริมาณความชื้นมากเกินไป มีพิษมาก เป็นต้น ซึ่งตามภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย มีการเตรียมเครื่องยาหลายวิธี เช่น การสะตุ การประสะ การฆ่าฤทธิ์ อาทิ การสะตุ รงทอง ในตำรับยาเบญจอำมฤตย์ ทำโดยนำรงมาใส่ในผลมะกรูดแล้วห่อด้วยขี้ควายนำไปปิ้งให้สุกดี จึงนำรงทองมาใช้ได้
6.3 ยาแผนไทย
ตำรับยาปรุงสำเร็จรูปที่ประชาชนสามารถเข้าถึงได้ง่าย สะดวก และปลอดภัย เพื่อใช้รักษาอาการเจ็บป่วยเบื้องต้นได้ด้วยตนเอง กระทรวงสาธารณสุขประกาศเป็นยาสามัญประจำบ้าน เช่น ยาแก้ไข้ ได้แก่ ยาจันทน์ลีลา ยาประสะจันทน์แดง ยาเขียวหอม ยามหานิลแท่งทอง ยาแก้ท้องเสีย ได้แก่ ยาเหลืองปิดสมุทร ยาธาตุบรรจบ ยาแก้ไอ ขับเสมหะ ได้แก่ ยาอำมฤควาที ยาประสะมะแว้ง ยาหอม ได้แก่ ยาหอมเทพจิตร ยาหอมทิพโอสถ ยาหอม อินทจักร์ ยาหอมนวโกฐ ยาสำหรับเด็ก ได้แก่ ยาประสะกะเพรา ยาแสงหมึก ยาตรีหอม ยามหาจักรใหญ่ ยาประสะเปราะใหญ่